Q:
この本では実音が同じものでも唱い方が異なるものは章を分けて解説されておりますが（MeとRi等）、理由があるのでしょうか？
スケール等の定義を説明するためでしょうか？
たとえば、メロディックマイナーであれば普通3度がフラットしていると考え、2度がシャープしてたとは考えないのでそれを説明するためでしょうか？

ソルフェージュ練習のときも意識して区別して練習したほうがいいのでしょうか？
個人的にMeという音の方が身についてる感じなので、RiとあってもMeと読み替えたりしてしまっているのですが、今後困るようなことがありますか？

A:
MeとRiは基本的に意味合いが異なります。
＃で表すか♭で表すかは、次の音に上行するか下行するか、テンションの#9かブルーノートのb3かなどで変わってきます。
ソルフェージュで歌うことはメロディーのアナライズになるという一面でもあります。
印刷された譜面の中には稀に♭と＃の表記が相応しくないものもあります。そういう場合は直して歌われるといいでしょう。